33 Jahre nachdem das Monster Gamera im Kampf mit einer Gruppe Gyaos-Fledermäuse nicht nur sich selbst sondern auch seine Gegner vernichtete, findet der kleine Toru in einem leuchtenden Stein ein Ei. Schon bald schlüpft die kleine Schildkröte Toto, die seltsame Fähigkeiten entwickelt. Unterdessen kommt es im Ozean zu ungeklärten Unglücken. Verantwortlich dafür ist das Seeungeheuer Zedus, das einen großen Hunger auf Menschenfleisch hat und sich unaufhaltsam der Küste Japans nähert. Alles läuft auf einen tödlichen Kampf zwischen Zedus und Toto hinaus, bei dem Torus Vater zurecht vermutet, er könne ein neuer Gamera sein. Doch kann dieser neue Gamera den mörderischen Zedus besiegen, ohne sich auch selbst zu opfern…?